Adiunkt K/M -nauki biologiczne Małopolskie Centrum Biotechnologii

• Zakres obowiązków: Projekt ERC Advanced IN and OUT, pn. In with the good, out with the
• bad: understanding small molecule influx and efflux in gut

Opis Programu/Projektu

Ludzki mikrobiom jelitowy wywiera ogromny wpływ na wiele aspektów zdrowia człowieka. Rodzaj Bacteroides należy do Gram-ujemnych bakterii z gromady Bacteroidetes i jest najliczniej reprezentowanym rodzajem bakterii w jelitach populacji zachodnich. Bakterie Bacteroides wzbudzają duże zainteresowanie ze względu na swoją zdolność do wykorzystywania złożonych polisacharydów pochodzących z diety, które nie mogą być trawione przez gospodarza (błonnik). Jednak sama zdolność rozkładu błonnika prawdopodobnie nie wyjaśnia dominacji Bacteroides, szczególnie biorąc pod uwagę ubogie w błonnik diety charakterystyczne dla społeczeństw zachodnich.

Ponieważ zarówno mikroorganizmy jelitowe, jak i komórki nabłonka jelitowego podlegają bardzo intensywnej wymianie, w jelicie znajduje się wiele źródeł składników odżywczych niezależnych od diety.

Stawiamy hipotezę, że bakterie Bacteroides ewoluowały w kierunku efektywnego wykorzystywania tych zasobów. Jednocześnie związki szkodliwe dla komórki, takie jak kwasy żółciowe i antybiotyki, muszą być z niej usuwane. Wszystkie te procesy

w dużej mierze zależą od lipoprotein, kanałów i transporterów zlokalizowanych

w zewnętrznej błonie komórkowej (OM, ang. outer membrane) bakterii.

Finansowany przez Unię Europejską projekt IN and OUT ma na celu

identyfikację nowych mechanizmów transportu przez błonę zewnętrzną bakterii jelitowych z rodzaju Bacteroides. Wykorzystując interdyscyplinarne podejście badawcze, projekt dąży do wyjaśnienia, dlaczego ten rodzaj bakterii osiąga tak dużą liczebność w ludzkim jelicie. W przeciwieństwie do Proteobacteria, takich jak Escherichia coli, u których procesy transportu przez błonę zewnętrzną zostały

szczegółowo poznane, mechanizmy te u filogenetycznie odległych bakterii Bacteroides pozostają w dużej mierze nieodkryte.

Pierwszy obszar projektu (INFLUX) koncentruje się na pozyskiwaniu ob